El entorno de la Villa presenta formaciones montañosas con un microclima especialmente húmedo comparado con el resto del Valle de Lerma y las serranías del Este.  La precipitación media anual es de 1.354 mm. San Lorenzo se ubica a una altitud de 1.450 msnm.

Posee importante causes y vertientes naturales, producto de precipitaciones intensas, ofrece una gran fuente de recursos hídricos.

El clima se define como subtopical serrano con estación seca, que se extiende entre abril y octubre. Los días son templados y las noches agradablemente frescas.